Spółka, o pierwotnej nazwie „Agencje Celne PKP CARGO sp. z o. o.” z siedzibą w Warszawie, została powołana Uchwałą nr 164 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 26 lutego 2002 r. Pod obecną nazwą „PKP CARGO SERVICE sp. z o. o”, (przyjętą Uchwałą Nr 40/2004 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 10 listopada 2004 r.) Spółka występuje od dnia 16 marca 2005 r.

PKP CARGO SERVICE sp. z o.o. jest niezależnym operatorem logistycznym wchodzącym w skład Grupy PKP CARGO LOGISTICS. Połączenie potencjału Grupy i wysoko wykwalifikowanej kadry specjalistów pozwoliło stworzyć firmę, która oferuje kompleksowy pakiet usług logistycznych, dostosowanych do indywidualnych potrzeb odbiorców.
Działalność usługowa wspomagająca transport lądowy obejmuje swoim zakresem wykonawstwo usług manewrowych na obszarze bocznic. Stosownie do wydanych przez organy korporacyjne decyzji właścicielskich PKP CARGO SERVICE sp. z o.o., zainicjowana w drugiej połowie roku 2009 działalność w tym obszarze usług, w roku 2010 została ukierunkowana na aktywne uczestnictwo Spółki w postępowaniach przetargowych na kompleksową obsługę bocznic kolejowych. Dokonane zostały niezbędne zmiany w zakresie dostosowania kompetencji organów Spółki do zaciągania zobowiązań wynikających z potrzeb zawieranych umów wykonawczych. Wieloletnie doświadczenie i solidna praca zaowocowały długoletnimi kontraktami. Spółka współpracuje ze sprawdzonymi podwykonawcami, posiada dobre kontakty z największymi przewoźnikami w kraju i za granicą, posiada place składowe i własne zespoły obsługi granicznej. Dzięki temu realizuje dziś najbardziej skomplikowane zlecenia logistyczne, oferując klientom perfekcyjną obsługę, optymalizację kosztów i dbałość o czas realizacji usługi.